Coverage for ibllib/io/extractors/passive_plotting.py: 22%

1#!/usr/bin/env python 

2# -*- coding:utf-8 -*- 

3# @Author: Niccolò Bonacchi 

4# @Date: Friday, October 16th 2020, 5:53:15 pm 

5# PLOTTING 

6from ibllib.plots import color_cycle, squares, vertical_lines (empty)

7from ibllib.io.extractors import ephys_fpga (empty)

8import matplotlib.pyplot as plt (empty)

9import numpy as np (empty)

10 

11 

12def plot_rfmapping(times_interp_RF, ax=None): (empty)

13 if ax is None: 

14 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

15 

16 vertical_lines( 

17 times_interp_RF, ymin=0, ymax=1, color=color_cycle(9), ax=ax, label="RFframe_times" 

18 ) 

19 

20 ax.legend() 

21 

22 

23def plot_sync_channels(sync, sync_map, ax=None): (empty)

24 # Plot all sync pulses 

25 if ax is None: 

26 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

27 for i, device in enumerate(["frame2ttl", "audio", "bpod"]): 

28 sy = ephys_fpga.get_sync_fronts(sync, sync_map[device]) # , tmin=t_start_passive) 

29 squares(sy["times"], sy["polarities"], yrange=[0.1 + i, 0.9 + i], color="k", ax=ax) 

30 

31 

32def plot_passive_periods(passivePeriods_df, ax=None): (empty)

33 if ax is None: 

34 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

35 # Update plot 

36 vertical_lines( 

37 np.r_[passivePeriods_df.loc['start'], passivePeriods_df.loc['stop']], 

38 ymin=-1, 

39 ymax=4, 

40 color=color_cycle(0), 

41 ax=ax, 

42 label="spacers", 

43 ) 

44 ax.legend() 

45 

46 

47def plot_gabor_times(passiveGabor_df, ax=None): (empty)

48 if ax is None: 

49 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

50 # Update plot 

51 vertical_lines( 

52 passiveGabor_df["start"].values, 

53 ymin=0, 

54 ymax=1, 

55 color=color_cycle(1), 

56 ax=ax, 

57 label="GaborOn_times", 

58 ) 

59 vertical_lines( 

60 passiveGabor_df["stop"].values, 

61 ymin=0, 

62 ymax=1, 

63 color=color_cycle(2), 

64 ax=ax, 

65 label="GaborOff_times", 

66 ) 

67 ax.legend() 

68 

69 

70def plot_valve_times(passiveValve_intervals, ax=None): (empty)

71 if ax is None: 

72 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

73 # Update the plot 

74 vertical_lines( 

75 passiveValve_intervals[:, 0], 

76 ymin=2, 

77 ymax=3, 

78 color=color_cycle(3), 

79 ax=ax, 

80 label="ValveOn_times", 

81 ) 

82 vertical_lines( 

83 passiveValve_intervals[:, 1], 

84 ymin=2, 

85 ymax=3, 

86 color=color_cycle(4), 

87 ax=ax, 

88 label="ValveOff_times", 

89 ) 

90 ax.legend() 

91 

92 

93def plot_audio_times(passiveTone_intervals, passiveNoise_intervals, ax=None): (empty)

94 if ax is None: 

95 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

96 # Look at it 

97 vertical_lines( 

98 passiveTone_intervals[:, 0], 

99 ymin=1, 

100 ymax=2, 

101 color=color_cycle(5), 

102 ax=ax, 

103 label="toneOn_times", 

104 ) 

105 vertical_lines( 

106 passiveTone_intervals[:, 1], 

107 ymin=1, 

108 ymax=2, 

109 color=color_cycle(6), 

110 ax=ax, 

111 label="toneOff_times", 

112 ) 

113 vertical_lines( 

114 passiveNoise_intervals[:, 0], 

115 ymin=1, 

116 ymax=2, 

117 color=color_cycle(7), 

118 ax=ax, 

119 label="noiseOn_times", 

120 ) 

121 vertical_lines( 

122 passiveNoise_intervals[:, 1], 

123 ymin=1, 

124 ymax=2, 

125 color=color_cycle(8), 

126 ax=ax, 

127 label="noiseOff_times", 

128 ) 

129 

130 ax.legend() 

131 

132 

133def plot_stims_times(passiveStims_df, ax=None): (empty)

134 if ax is None: 

135 f, ax = plt.subplots(1, 1) 

136 # Look at it 

137 vertical_lines( 

138 passiveStims_df["valveOn"].values, 

139 ymin=2, 

140 ymax=3, 

141 color=color_cycle(3), 

142 ax=ax, 

143 label="ValveOn_times", 

144 ) 

145 vertical_lines( 

146 passiveStims_df["valveOff"].values, 

147 ymin=2, 

148 ymax=3, 

149 color=color_cycle(4), 

150 ax=ax, 

151 label="ValveOff_times", 

152 ) 

153 ax.legend() 

154 vertical_lines( 

155 passiveStims_df["toneOn"].values, 

156 ymin=1, 

157 ymax=2, 

158 color=color_cycle(5), 

159 ax=ax, 

160 label="toneOn_times", 

161 ) 

162 vertical_lines( 

163 passiveStims_df["toneOff"].values, 

164 ymin=1, 

165 ymax=2, 

166 color=color_cycle(6), 

167 ax=ax, 

168 label="toneOff_times", 

169 ) 

170 vertical_lines( 

171 passiveStims_df["noiseOn"].values, 

172 ymin=1, 

173 ymax=2, 

174 color=color_cycle(7), 

175 ax=ax, 

176 label="noiseOn_times", 

177 ) 

178 vertical_lines( 

179 passiveStims_df["noiseOff"].values, 

180 ymin=1, 

181 ymax=2, 

182 color=color_cycle(8), 

183 ax=ax, 

184 label="noiseOff_times", 

185 ) 

186 

187 ax.legend() 

188 # plt.show()